Die Heimatsammlung wurde 1980 von dem örtlichen BdV-Vorsitzenden Herbert Papstein als Sammlung des Heimatkreises Wirsitz / Westpreußen gegründet und war im Wasserturm in Bad Zwischenahn untergebracht. 1985 wurde unter Vorsitz von Dr. Gerd Burmeister der Verein „Ostdeutsche Heimatstube – Verein zur Pflege und Erhaltung ostdeutschen Kulturgutes e.V.“ gegründet, der alleiniger Träger des heutigen Museums ist. Die Ostdeutsche Heimatstube bekam 1986 ihren neuen, bis heute erhaltenen Standort.

  Die als Lehrschau konzipierte Dauerausstellung umfasste nun die ehemals deutschen Provinzen Ostpreußen, Westpreußen mit dem Heimatkreis Wirsitz und Danzig, Pommern, Schlesien und Ostbrandenburg. Der Außenbereich wurde mit einem Treckwagen aus dem Memelland sowie verschiedenen Gedenksteinen gestaltet. Die einzelnen Stuben, jeweils einer Region zugeordnet, wurden von ehrenamtlich tätigen Vorstandsmitgliedern betreut und im Bestand ergänzt. 
Nach dem Ausbau des Stalls zu einem Ausstellungsraum konnten dort ab 2001 regelmäßig Sonderausstellungen gezeigt werden. Inzwischen werden ein „Kunstobjekt des Monats“ präsentiert und „Klönnachmittage“ mit Kurzvorträgen initiiert. Seit 2008 führte das Haus offiziell den Namen „Museum Ostdeutsche Heimatstube Bad Zwischenahn – Verein zur Pflege und Erhaltung ostdeutschen Kulturguts e.V.“ Derzeit befindet sich das Museum in einer Phase der Umgestaltung. Die von Laien geschaffene und betreute Heimatstube wird schrittweise in ein fachlich geleitetes Museum überführt. 2012 erfolgte die Umbenennung in Museum für Ostdeutsche Kulturgeschichte.